Office: (Office 2016) XML-File importieren

Liebe Access-Experten,

ich bin absoluter Access-Neuling als entschuldigt bitte wenn ich hier eine blöde Frage stelle. Es geht darum dass ich gerne eine XML Datei in Access importieren würde. Es handelt sich dabei um den Datensatz den man hier Human Metabolome Database: Downloads herunterladen (Datensatz "all metabolites"). Wenn ich diesen Datensatz in Access importiere habe ich das Problem, dass ich statt einer großen viele kleine Tabellen bekomme sodass die einzelnen Variablen komplett aufgeteilt sind. Das Problem scheint so wie ich das verstehe in der "verschachtelten" Strukture der XML Sprache begründet zu liegen. Ich weiß allerdings nicht wie ich das Problem lösen kann und bitte daher hier um Hilfe.
Nehme an man muss das XML file irgendwie in etwas anderes weniger verschachteltes transformieren können um das Problem zu lösen, weiß aber weder in was noch wie =/

Schon im vorhinein vielen Dank für die Hilfe!

LG
humic

Ps.: ich habe Access 2016

:)

 

Moin,

in der XSD (XML Schema Definition) ist festgelegt, wie die XML-Datei strukturiert ist. Wenn da mehrere Tabellen entstehen, dann kann das nur aus der Definition kommen.

 

Danke für die schnelle Antwort. Gibt es eine Möglichkeit das ganze als nicht-Informatiker so zu ändern, dass man eine Tabelle daraus machen kann?

 

Das dürfte der falsche Ansatz sein, die Ersteller haben sich vermutlich Gedanken gemacht, wie sie das Ding strukturieren.

Wenn die Tabellen Namen haben wie metabolite, synonyms, taxonomy usw, sollte alles in Ordnung sein. Warum denkst Du denn, dass nur eine Tabelle entstehen sollte?

Schau die XML mal mit einem Editor wie notepad++ an, da zeigt sich die Struktur.

 

Danke für den Tipp. Es ist leider so, dass die einzelnen Tabellen die entstehen zum größten Teil nutzlos sind. In der tabelle "metabolites" habe ich zum Beispiel die namen der Metabolite und einige andere Variablen. Damit kann ich also was anfangen weil ich sehe welche Variable zu welchem Metaboliten gehört. In vielen der anderen Tabellen sehe ich aber nur einige einzelne Variablen, dass in in der Tabelle auch den Namen der Metaboliten habe. Ich weiß dann also nicht wozu die variable eigentlich gehört.
Ich habe mir den Aufbau schon im 101 editor angeschaut. Dabei ist mir aufgefallen, dass wenn es mehrere Grandchildren (so scheint man das laut meiner google recherchen zu nennen ^^) immer nur das erste der Grandchildren überhaupt irgendwo angezeigt wird und die anderen garnicht mehr,..

 

Was versprichst du dir denn davon, das Teil nach Access zu transferieren?
Das sind Unmengen von Daten, die definitiv nicht in eine (1) Tabelle gehören.
Es gibt viel 1:n Beziehungen über mehrere Ebenen, das ist eine komplexe
Angelegenheit. Ohne das du eine Ahnung von Access hast, kannst du das
ganze schnelle vergessen.

Frage: Kann man das in einer Tabelle ausgeben?
Antwort: Nein!

Gruss
Jones

 

Verstehe danke, dann weiß ich dass ich für mein Problem etwas umdenken muss,.. wäre es stattdessen möglich einfach die "metabolites" tabelle um ein paar Spalten zu erweitern (namentlich: "logp_ALOGPS", "logp_ChemAxon" "logs", "solubility", "pka_strongest_acidic", "polarizability", "acceptor_count", "donor_count", "physiological charge", "formal_charge" und "pka_strongest_basic") sodass die Spaltenwerte immer die zugehörigen sind?

PHP:

         <kind>logp</kind>
<value>-2.95</value>
<source>ALOGPS</source>
</property>
<property>
<kind>logs</kind>
<value>-1.39</value>
<source>ALOGPS</source>
</property>
<property>
<kind>solubility</kind>
<value>6.93 g/L</value>
<source>ALOGPS</source>
</property>
<property>
<kind>logp</kind>
<value>-3.1</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>pka_strongest_acidic</kind>
<value>1.96</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>pka_strongest_basic</kind>
<value>9.25</value>
<source>ChemAxon</source>
<kind>acceptor_count</kind>
<value>4</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>donor_count</kind>
<value>2</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>physiological_charge</kind>
<value>0</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>formal_charge</kind>
<value>0</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>
<property>
<kind>polarizability</kind>
<value>17.11</value>
<source>ChemAxon</source>
</property>


 

Hi,

an den Attributen ist schon zu sehen, dass sie in eigene Tabellen gehören - sie können mehrfach zu einem M. auftreten, und keiner weiß vorher, wie viele da kommen.

Mein Tipp wäre RegExp, damit lassen sich solche Sachen zerlegen. Meine Kenntnisse sind da eher mau :-(

 

Uff habe ihn mir gerade angeschaut und ich fürchte ich werde es nicht schaffen mich da mit einem realistischen Zeitaufwand einzuarbeiten *frown.gif*

Aber eine andere Idee die vielleicht einfacher umzusetzen ist. Könnte man in der "property" Tabelle vielleicht einfach eine "name" Spalte hinzufügen sodass in jeder Zeile der metabolitenname steht zu dem die property in der Zeile gehört? *Smilie

 

Ich glaube nicht, dass der XML-Import mit sich reden lässt.
Man kann aber die XML-Datei per Code einlesen.
Ich habe mal eine DB erstellt, die das bewerkstelligt.

Die Idee, das alles in eine Tabelle zu schreiben kann ich nicht unterstützen,
es muss schon zwei Tabellen geben.

In der tbMetabolites steht der Name zusammen mit einer ID, die dann zum
Fremdschlüssel in der tbProperties wird. Das kann man in einer Abfrage
dann verknüpfen.

Öffne das Modul ImportXML.
Stelle den Cursor in die Sub ImportXML_HMDB.
Klick auf das Starten-Symbol im Toolbar.
Wähle die XML-Datei aus.
Wenn du die 1,7 GB Datei auswählst, nimm dir Zeit...
(Ich habe es mit saliva_metabolites getestet, aber sollte die nicht einen
anderen Aufbau haben, dann geht es auch mit dem großen Teil.)

Die Vorgehensweise müsste leicht durchschaubar sein, sodass du das auch
noch um weitere Felder erweitern kannst.

HMDB_Meta_1.zip

Gruss
Jones

 

Vielen lieben Dank für das Programm *Smilie Weiß das echt zu schätzen *Smilie
Was schätzt du denn wie lange es dauert? Habe es jetzt etwa 8h laufen lassen und bin nicht sicher ob es einfach so ewig dauert oder in einer endlosschleife gefangen ist bzw ob es überhaupt etwas tut ^^ Gibt es eine Möglichkeit zu beobachten was es tut bzw wie weit es schon ist während es arbeitet?

 

Tja, 8h erscheinen mir schon etwas viel zu sein. *biggrin.gif*

Bei der saliva_metabolites.xml braucht es bei mir für 26195 Properties
und 1236 Metaboliten etwas 10 Sekunden.

1,7 GB Dateien sind eine Krankheit. So was kann man kaum handeln.
Falls das mit der großen Datei nicht klappt, solltest du hintereinander
die einzelnen kleineren Dateien einlesen.

Gruss
Jones

 

Das geht leider nicht weil in der großen auch welche drinnen sind die keiner der Untergruppen zugeordnet werden konnten =/
Schönt echt blöd zu sein mit den großen Files,.. Beim kleinen gehts bei mir auch ^^
In jedem fall vielen Dank! Ich schau mal ob ichs irgendwie zum laufen bekomme bzw anders lösen kann,.. oder kontaktiere mal die von HMDB und frage die wie sie sich vorstellen dass man diese xml datei als nicht-informatiker sinnvoll einlesen kann *Smilie